Койот характерен для открытых равнин, занятых прериями и пустынями. В леса забегает редко. Встречается как в безлюдных местах, так и на окраинах крупных городов вроде Лос-Анджелеса. Легко приспосабливается к антропогенным ландшафтам. Образ жизни, в основном, сумеречный. В биоценозах прерий койот занимает место, сходное с местом шакала в биоценозах Старого Света. Койот всеяден и крайне неприхотлив в пище. Однако 90 % его рациона составляют животные корма: зайцы, кролики, луговые собачки, сурки и суслики (в Канаде), мелкие грызуны. Нападает на скунсов, енотов, хорьков, опоссумов и бобров; ест птиц (фазанов), насекомых. Хорошо плавает и ловит водную живность — рыбу, лягушек и тритонов. На домашних овец, коз, диких оленей и вилорогов нападает редко. В конце лета и осенью с удовольствием поедает ягоды, плоды и земляные орехи. В северных районах зимой переходит на питание падалью; следует за стадами крупных копытных, поедая павших и дорезая ослабленных животных. Людей не трогает; в пригородах подчас роется в мусоре.
Охотятся койоты поодиночке, парами, иногда, на крупную дичь (карибу, вапити) — стаями. Разделение ролей в охотящейся стае такое же, как у волков: загонщики выводят дичь на засаду или гонят ее по очереди. Иногда койот охотится совместно с американским барсуком, который разрывает вход в нору и выгоняет ее обитателя прямо на койота. Каждый койот, пара или семейная группа владеют собственной территорией, центром которой является логово или нора. Члены стаи регулярно метят границы своего участка мочой.
Самый «спортивный» из всех диких псовых, койот способен совершать прыжки в 2—4 м длиной и бежать со скоростью 40—50 км/ч; на коротких дистанциях развивает скорость до 65 км/ч. Может перемещаться на большие расстояния; на охоте за ночь в среднем проходит 4 км. Возможно, у койота наиболее развитые среди всех псовых органы чувств; он видит на расстоянии до 200 м, одинаково хорошо и днем, и ночью. Кроме того, койот — самый «голосистый» среди североамериканских млекопитающих: его громкий вой составляет неотъемлемую особенность прерий.
Основные враги — пума и волк. Койот не выносит на своей территории присутствия рыжей лисицы, своего пищевого конкурента. Иногда койоты скрещиваются с домашними собаками, изредка — с волками.
